Propast Trilateralnog sporazuma trebala je izazvati pomutnju, ali nije
Nakon sovjetskog sloma, ruski predsjednik Boris Jeljcin priznao je UN-u postojanje programa ilegalnog biološkog oružja. Priznanje će biti poništeno godinama kasnije.
U prosincu 1991. sovjetski Savez je propao, ali ono što se dogodilo sovjetskom programu biološkog oružja bilo je složenije. Sovjetsko istraživanje biološkog ratovanja započelo je 1920-ih, okupljeno je u program biološkog oružja 1928. godine, a nastavilo se tijekom hladnog rata. Sovjetski Savez bio je potpisnik Konvencije o biološkom i toksičnom oružju (BTWC) 1972. godine, koja je zabranila biološko oružje, ali je sovjetska vlada namjerno ignorirala svoje obveze iz sporazuma. Umjesto toga, program je proširen stvaranjem kvazi-civilne biotehnološke istraživačke organizacije Biopreparat 1970-ih kako bi se iskoristile nove mogućnosti u genetskom inženjeringu. Program je dosegao vrhunac 1980-ih, a procjenjuje se da je 65.000 zaposlenika radilo u desecima vojnih ili civilnih objekata. Zbog stroge tajnosti, puni opseg programa i ono što je uspio postići uvelike je izmaklo zapadnoj inteligenciji. Čak i nesreće poput smrtonosnog curenja oružja Bacillus anthracis iz postrojenja za bio-oružje Sverdlovsk-19 u travnju 1979. nisu otkrile puni opseg programa, iako je izazvalo sumnju nekih američkih i britanskih obavještajnih dužnosnika da Sovjetski Savez ne poštuje sporazum o biološkom oružju.
Godine 1989., Vladimir Pasechnik, viši znanstvenik iz Biopreparata, prebjegao je i otkrio ključne detalje o ilegalnim sovjetskim istraživanjima bio-oružja britanskoj i američkoj obavještajnoj službi. Počeo je rasti pritisak na sovjetsku vladu da prizna i – što je još važnije – da prekine te aktivnosti. U rujnu 1991. sovjetski vođa Mihail Gorbačov suočio se s britanskim premijerom Johnom Majorom o ogromnom i ilegalnom programu bio-oružja Sovjetskog Saveza. Za razliku od ranijih susreta oko tog pitanja, Gorbačov ovaj put nije zanijekao optužbu, ali je tvrdio da su ga drugi visoki sovjetski dužnosnici doveli u zabludu. Kremlj je u studenom 1991. obavijestio Veliku Britaniju da je izdana naredba o prekidu sovjetskog programa biološkog oružja.
Nakon sovjetskog sloma, ruski predsjednik Boris Jeljcin u nekoliko je navrata priznao postojanje programa ilegalnog biološkog oružja, a neki detalji o programu prvi su put uključeni u mjeru izgradnje povjerenja podnesenu UN-u 1992. godine. Svi prethodni godišnji sovjetski podnesci poricali su postojanje bilo kakvog ofenzivnog programa biološkog oružja. Tijekom iste godine Velika Britanija, Sjedinjene Države i Rusija sklopile su Trilateralni sporazum, kojim su ponovno potvrdile svoju predanost Konvenciji o biološkom i toksičnom oružju i izjavile da će Rusija eliminirati program biološkog oružja na svom teritoriju. Sporazumom je također osiguran mehanizam za stranke da provode inspekcije na državnom području dviju zemalja kako bi osigurale usklađenost.
Rusi su brzo prekršili obećanja iz Trilateralnog sporazuma, a u svibnju 1994. ruska vlada iznenada je povukla Jeljcinovo priznanje da je naslijedila velike dijelove sovjetskog programa bio-oružja. Ruska vlada također je tvrdila da američke tvrtke krše sporazum o biološkom oružju i zatražila pristup prekomorskim američkim vojnim laboratorijima. Rusija će kasnije tvrditi da su ti američki laboratoriji tajna postrojenja za bio-oružje. Trilateralni sporazum konačno je prekinut u studenom 1995., kada je visoki ruski diplomat na Četvrtoj konferenciji o preispitivanju biološke i toksične konvencije o oružju u Ženevi izjavio da Rusija nikada nije razvila, proizvela, nagomilala zalihe ili skladištila biološko oružje. To je i danas stajalište ruske vlade.
Propast Trilateralnog sporazuma trebala je izazvati pomutnju, ali nije. Ruska demokracija borila se za opstanak do sredine 1990-ih, a Zapad je odbacio pitanje je li Rusija nastavila održavati program biološkog oružja u korist onoga što se smatralo važnijim pitanjem: potporom Jeljcinovoj administraciji. Sjedinjene Države i druge zapadne zemlje nadale su se da će drugi mehanizam ublažiti barem neke zabrinutosti u vezi s aktivnostima ruskog bio-oružja, a 1991. godine Sjedinjene Države pokrenule su program smanjenja prijetnji zadruge. Cilj tog programa bio je pomoći Sovjetskom Savezu, a kasnije i Rusiji, u sprječavanju pada nuklearnog materijala i oružja u pogrešne ruke. Kasnije je proširen na uklanjanje bivših sovjetskih zaliha kemijskog oružja i proizvodnih pogona, zajedno s prenamjenom biopreparat postrojenja u mirnu uporabu. Potonje bi služilo za sprječavanje zlouporabe patogena, krađe ili slučajnog oslobađanja iz tih objekata, a istovremeno bi se spriječio odljev mozgova znanstvenika ili tehničara u zemlje poput Iraka ili Sjeverne Koreje. Iako nikada nije namjeravao zamijeniti Trilateralni sporazum, program smanjenja prijetnji suradnje pružio je određeni stupanj sigurnosti da veliki dijelovi bivšeg sovjetskog programa bio-oružja više nisu aktivni.
Ipak, postojali su razlozi za zabrinutost: Tri sovjetska vojna postrojenja za bio-oružje na Sergiev Posad-6 (prethodno Zagorsk-6), Jekaterinburg-19 (prethodno Sverdlovsk-19) i Institut Kirov ostali su takvi kakvi su bili u sovjetskoj eri i nedostupni strancima. Ti vojni objekti korišteni su za istraživanje i razvoj, kao i za naoružanje i proizvodnju biološkog oružja. Sustav protiv kuge (koji je odigrao ključnu ulogu u obrambenom dijelu sovjetskog programa bio-oružja) također je ostao uglavnom zatvoren za strance. Zbog nedostatka pristupa, program smanjenja prijetnji zadruge nikada nije uključio ove objekte u svoje aktivnosti. Prema ruskim medijima, znanstvenici sa Sergiev Posad-6 završili su rad na naoružanim majmunskim boginjama, virusu Lassa i virusu ebole početkom 1990-ih. Lassa virus smatran je posebno atraktivnim bio-oružjem, jer “vjerojatni protivnik” (tj. Sjedinjene Države) nije imao sredstva za prevenciju ili liječenje. Virus ebole smatran je atraktivnim borbenim virusom zbog svoje smrtonosnosti, iako je bio vrlo težak virus za uzgoj.
